两仪殿，修建于武当山南岩(又名独阳岩)绝壁之上，坐北朝南，面临大壑。“两仪”一词，最早见于《易传·系辞上》说：“是故，易有太极，是生两仪”，这里“两仪”指的是“阴”和“阳”，又说：“乾，阳物也;坤，阴物也”“乾，天也，故称乎父;坤，地也，故称乎母”。此处“两仪”的主要意思是指“父母”，也可延伸为“天地”、“阴阳”等。

　　武当各宫观祀奉真武的主殿后面都建有父母殿，位于轴线上，是武当山宫观基本格局中重要的组成部分。而南岩宫两仪殿则因地形与其他宫观不同，其朝向与位置均不同于武当山其他宫观的两仪殿。武当山道教宫观群体的建造始于唐宋，兴于元明。其宫观建筑群以明代大修时为盛，南岩宫建筑群正是这种有机建筑群中最杰出的代表作之一。而其中两仪殿与居其一侧的元代天乙真庆宫石殿有着密切的关系，以“面朝大顶峰千丈”、“侧筑山门”等巧妙设计和殿前闻名遐迩的“龙首石”以及两者与天柱峰金顼之间的空间关系设计高度体现了道家尊重自然的思想，也反映了中国古代高超的建筑智慧和科技水平。

　　两仪殿位于武当南岩宫建筑群内，供奉真武神的父母，即南岩宫父母殿。其与山门、龙虎殿、东西配房配殿、玄帝殿(即大殿)构成了南岩宫主体建筑的基本格局。武当道教建筑群，一般根据实际功能可分为神灵区、修炼区、生活区。大的建筑组群采取多轴线排列的办法：中轴线为神灵区，设龙虎殿、十方堂、大殿、配房、配殿、父母殿。右边轴线为生活区，设斋堂、库房、神厨等。左边轴线为修炼区，设神堂、静室卧室等。南岩宫则是与武当山其他主要宫观在布局上差异较大的一组建筑群，与山势地形结合更为紧密，其布局不仅体现了地理空间因素，也呼应了天乙真庆宫石殿等历史时间因素。而其中两仪殿不拘泥于中轴对称的空间序列，其空间关系通过龙头香的设立，跨越山谷延伸至金顶，这种恢宏的设计无疑反映了两仪殿的独特与重要地位。